Protestanttiset kirkot syntyivät 1500-luvulla protestiliikkeenä roomalaiskatolisessa kirkossa. Kiistat koskivat erityisesti paavin asemaa ja oppia pelastuksesta. Protestanttiset kirkot ovat tyypillisesti kansallisia ja monissa Pohjois-Euroopan maissa muodostui vahva valtionkirkkojärjestelmä 1600-luvulla. Yhdysvalloissa sen sijaan kirkko ja valtio päädyttiin erottamaan toisistaan.
Protestanttisille kirkoille on ominaista Raamatun saattaminen kansan käsiin sen omalla kielellä, liturgian kansankielisyys, saarnalle annettu keskeinen asema, kirkollisen hierarkian vallan mureneminen sekä maallikkoliikkeiden suuri merkitys. Protestanttiset kirkot myös lakkauttivat luostarit ja pappien selibaattivaatimuksen. Tyypillistä on ollut arkisen kutsumuksen pyhittäminen ja persoonallisen vakaumuksen korostaminen. Nämä piirteet ovat edesauttaneet uskonnon yksityistymistä ja yhteiskunnan maallistumista erityisesti Pohjois-Euroopassa.